As internas municipais deste domingo, 7 de junho, registraram episódios de violência e irregularidades em diferentes localidades do país desde as primeiras horas da votação. Lambaré, no Departamento Central, concentrou o maior número de ocorrências, com confrontos em ao menos três escolas utilizadas como locais de votação: a Escola Santa Lucía, a Escola Bernardo Ocampos e a Escola República de Ecuador. Segundo relatos, houve discussões, empurrões e agressões físicas, com a composição das mesas de votação sendo o principal ponto de atrito no início dos trabalhos.
Em San Lorenzo, também no Departamento Central, a votação não teve início às 7h no tradicional Colegio Saturio Ríos porque nem todas as mesas estavam constituídas, conforme denunciaram os eleitores presentes.
No departamento de Cordillera, na localidade de Mbocayaty, um candidato a intendente do Partido Liberal Radical Auténtico (PLRA) denunciou a exclusão de mesas e agressões em um local de votação do partido. Além disso, desconhecidos teriam espalhado pregos conhecidos como "clavos miguelito" nas ruas, aparentemente com o objetivo de prejudicar determinada agrupação interna, de acordo com a denúncia.