Juan Pablo Nogués Peña, gerente de projetos da Atome no Paraguai e representante titular do Ministério da Indústria e Comércio (MIC) no Conselho Nacional de Ciência e Tecnologia (Conacyt), é primo de primeiro grau do presidente Santiago Peña. A sobreposição entre os cargos, o vínculo familiar e a definição de tarifas elétricas próximas ao valor solicitado pela empresa levanta questionamentos sobre um possível conflito de interesses, embora não haja evidência apresentada de que Nogués tenha influenciado as decisões.
Em 12 de novembro de 2025, a Atome pediu à Administração Nacional de Eletricidade (ANDE), estatal responsável pelo setor elétrico, mudanças no contrato de fornecimento firmado em 2022 e propôs uma tarifa de US$ 30 por megawatt-hora (MWh). Quinze dias depois, Peña assinou o Decreto 4.999/2025, que nomeou Nogués novamente como conselheiro titular do MIC no Conacyt para o período de 2025 a 2027. A indicação, conforme a legislação citada no decreto, cabe à instituição representada.
Em 22 de dezembro, o MIC e o Ministério das Tecnologias da Informação e Comunicação apresentaram um relatório técnico para sustentar um regime de tarifas em dólares. Em 16 de janeiro de 2026, Peña assinou os decretos 5.306 e 5.307. O segundo estabeleceu tarifas para o hidrogênio que, em cálculo publicado pelo jornal ABC Color, ficam entre US$ 30 e US$ 32/MWh — faixa próxima dos US$ 30 pedidos pela Atome.
O decreto 5.307 também criou uma categoria de consumo em 220 quilovolts, nível de tensão usado pelo projeto da Atome em Villeta. Os dois textos determinam que as tarifas cubram os custos do fornecimento, mas, segundo a análise publicada, o 5.307 não cita um estudo de custos. Os decretos foram referendados pelo MIC, pelo ministério de tecnologia e pelo Ministério de Obras Públicas e Comunicações, mas não pela ANDE, que vende a energia.
Em resposta a perguntas do ABC Color, Nogués confirmou o parentesco e afirmou que nunca conversou com o presidente sobre o tema. Disse também que o vínculo familiar não teve influência e que trabalha na Atome desde 2021, antes dos decretos. O jornal informou que os documentos examinados não comprovam interferência dele nas decisões.
Nogués declarou que deixou o posto no Conacyt e que o ministro da Indústria, Marco Riquelme, teria enviado um substituto. Porém, a página do conselho ainda o listava como representante titular em 25 de setembro, e não havia registro público da renúncia nem identificação do eventual substituto. A Atome, empresa britânica que planeja uma fábrica de fertilizantes verdes em Villeta, ameaça recorrer ao Centro Internacional de Arbitragem de Disputas sobre Investimentos (CIADI), ligado ao Banco Mundial, em uma disputa com o Estado paraguaio.