Juan Pablo Nogués Peña, Projektmanager von Atome in Paraguay und ordentliches Mitglied des Nationalen Rats für Wissenschaft und Technologie (Conacyt) als Vertreter des Ministeriums für Industrie und Handel (MIC), ist ein Cousin ersten Grades von Präsident Santiago Peña. Die Überschneidung seiner Ämter, das verwandtschaftliche Verhältnis und die Festlegung von Stromtarifen nahe dem von dem Unternehmen beantragten Preis werfen Fragen nach einem möglichen Interessenkonflikt auf. Belege dafür, dass Nogués die Entscheidungen beeinflusst hat, wurden jedoch nicht vorgelegt.
Am 12. November 2025 beantragte Atome beim Nationalen Elektrizitätsdienst (ANDE), Paraguays staatlichem Stromversorger, Änderungen am 2022 geschlossenen Liefervertrag und schlug einen Tarif von 30 US-Dollar je Megawattstunde (MWh) vor. Fünfzehn Tage später unterzeichnete Peña das Dekret 4.999/2025, mit dem Nogués erneut für den Zeitraum 2025 bis 2027 als ordentliches MIC-Mitglied im Conacyt bestellt wurde. Nach den im Dekret angeführten Rechtsvorschriften liegt das Vorschlagsrecht bei der vertretenen Institution.
Am 22. Dezember legten das MIC und das Ministerium für Informations- und Kommunikationstechnologien einen technischen Bericht zur Begründung eines in US-Dollar festgelegten Tarifsystems vor. Am 16. Januar 2026 unterzeichnete Peña die Dekrete 5.306 und 5.307. Das zweite setzte Tarife für Wasserstoff fest, die nach einer vom Journal ABC Color veröffentlichten Berechnung zwischen 30 und 32 US-Dollar/MWh liegen – eine Spanne nahe den 30 US-Dollar, die Atome beantragt hatte.
Mit Dekret 5.307 wurde außerdem eine Verbrauchskategorie für 220 Kilovolt geschaffen, der Spannungsebene, die das Atome-Projekt in Villeta nutzt. Beide Texte schreiben vor, dass die Tarife die Kosten der Versorgung decken müssen. Der veröffentlichten Analyse zufolge verweist Dekret 5.307 jedoch auf keine Kostenstudie. Die Dekrete wurden vom MIC, vom Technologieministerium sowie vom Ministerium für öffentliche Arbeiten und Kommunikation gegengezeichnet, nicht aber von der ANDE, die den Strom verkauft.
In Antworten auf Fragen von ABC Color bestätigte Nogués die Verwandtschaft und erklärte, er habe nie mit dem Präsidenten über das Thema gesprochen. Er sagte außerdem, das familiäre Verhältnis habe keinen Einfluss gehabt und er arbeite seit 2021 bei Atome, also bereits vor den Dekreten. Die geprüften Dokumente belegen laut der Zeitung nicht, dass er auf die Entscheidungen Einfluss genommen hat.
Nogués erklärte, er habe seinen Posten im Conacyt verlassen und Industrieminister Marco Riquelme habe einen Nachfolger entsandt. Am 25. September führte die Website des Rats ihn jedoch weiterhin als ordentliches Mitglied; eine öffentliche Rücktrittsmeldung oder die Identität eines möglichen Nachfolgers war nicht zu finden. Atome, ein britisches Unternehmen, das in Villeta eine Anlage zur Herstellung grüner Düngemittel plant, droht in einem Streit mit dem paraguayischen Staat, den Internationalen Gerichtshof zur Beilegung von Investitionsstreitigkeiten (ICSID) anzurufen, der zur Weltbank gehört.